日本FBA物流跨境電商的其主要商業模式是線上展示、線下交易的外貿信息服務模式。海運國家均采取了較強的支持保護政策，實施不同程度的貨載保留、貨載優先、財政補貼、稅收優惠等政策。第三方平臺前期的主要功能是為企業信息和產品提供一個網絡展示平臺，并不涉及網絡上的任何交易環節。此時，第三方平臺的盈利模式主要是通過向展示信息的企業收取公開員工費用。在跨境電子商務的早期發展過程中，跨境電子商務交易具有供應商提供的一站式信息流增值服務，如投標、推產、咨詢服務等。，尤其是數碼產品的跨境貿易，超出了海關等政府相關部門的有效監管、統計和關稅征收范圍。
跨境電子商務與傳統國際貿易的區別
與跨境電商相比，傳統國際貿易意味著0線下跨境貿易，即普通的貨物進出口貿易。日本FBA物流從國際貿易傳統的出口流程來看，出口公司和進口公司通過協商簽訂合同后，經過“貨、證、運、付”四個業務流程，然后就完成了外貿操作。如果進口商要求，出口商要辦理保險，然后準備結匯的單據，辦理出口退稅。然而，貨物進口的過程與出口的過程相反。進出口雙方簽訂合同后，申請進口許可證，然后結匯、進口報關、申請進口檢驗。在跨境電商出口過程中，商品生產者提前對商品進行拍照，整理商品的詳細信息，將圖片和文字上傳到線上平臺，買家對自己挑選的商品進行檢驗。之后，商家會根據訂單中的商品信息將所需商品交付給物流公司，日本FBA物流公司會根據訂單中買家信息采用的配送方式辦理出口國和進口國的清關手續，然后由國內物流機構發送給買家。
目前從事 日本FBA物流跨境電商的多為中小企業。由于資源和資金有限，他們通常選擇使用第三方綜合服務平臺。然后由第三方綜合服務平臺辦理通關、出口退稅等過程中的非生產性手續。代表企業，從而保證跨境交易。對于跨境電商的進口流程，其實只需要逆向出口操作即可。
日本FBA物流與傳統國際貿易模式相比，跨境電子商務具有難以比擬的優勢，如突破傳統地域限制、受貿易保護影響小、涉及中間商少、價格低、利潤率高等；但與此同時，通關、結匯、退稅等壁壘明顯，貿易爭端處理不完善。對比兩者，就能看出區別。
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