日本FBA小包物流管理的挑戰航運企業的財務管理制度通常是按照單一的航運業務進行規劃和設計，所有的收支都需分攤到航次中，并以運輸收益作為企業經營業績與考核的第一標準。國際EPC項目在為航運企業帶來獲益機遇的同時，也因其國際性、復雜性和持續性，對企業原有的財務制度和管理方式提出了新的挑戰。1.原有財務管理制度不支持首先，以航次為中心的財務核算方式，對于人員、工程技術、分包業務等難以分攤到航次的收支未有精準的核算辦法。其次，財務人員的思維固化，難以主動對項目財務管理給予科學指導，促進項目的降本增效.
原有財務信息系統不支持首先，航運企業的財務信息管理系統功能較為單一，無法將人員、工程技術、分包服務等收支精準地錄入到系統中，難以體現項目的整體收益。其次，財務人員難以直觀地看到整個項目的收支情況，對項目的成本管控力度較弱。海洋物流運輸企業若要降低海洋物流管理中的滯留成本，就必須優化運輸路線，并在一定時間后對影響運輸的路線進行量化分析。得出分析結果并進行研究思考，確定運輸路線，可節省運輸時間，有效減少集裝箱停留時間。
財務人員對項目財務管理適應不足財務人員按照傳統財務制度要求，圍繞航次核算進行各類數據匹配和填報，一是較少與項目人員交流，缺乏項目全局性考慮；二是對項目合同認識不足，風險防控意識較弱；三是對項目財務數據分析不足，難以對項目執行效果進行有效評估。
日本FBA小包物流項目財務管理的實踐為了推進項目財務管理的標準化、精細化、科學化，強化成本控制、統籌資金管理、規范收支決算，既能獨立體現項目收益，又能納入到航運企業的整體效益核算體系，國際EPC海運物流項目財務管理根據合同要求，并結合企業現有的財務管理制度，設計并制定出一套適用于項目執行的財務管理方法，取得了較為理想的實踐效果。
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